Instytucja Zarządzająca (przy udziale Instytucji Pośredniczącej) opracowuje Szczegółowy opis osi priorytetowych dla Programu oraz jego ewentualne zmiany, a także zmiany w samym Programie. Instytucja Zarządzająca przygotowuje także (we współpracy z Instytucją Pośredniczącą) wzory niezbędnych dokumentów oraz wytyczne dla beneficjentów, m.in. wytyczne dotyczące kwalifikowalności wydatków w ramach Programu. Instytucja Zarządzająca przygotowuje także ogólne kryteria wyboru projektów dla Programu i przedkłada je do akceptacji Komitetu Monitorującego.
-
przygotowanie opisu systemu zarządzania i kontroli Programu,
-
opracowanie procedur związanych z zarządzaniem Programem i zatwierdzanie procedur Instytucji Pośredniczącej,
-
zapewnienie, że wybór projektów do finansowania następuje zgodnie z kryteriami stosowanymi dla Programu i monitorowanie ich zgodności z odpowiednimi zasadami wspólnotowymi i krajowymi,
-
przygotowanie indykatywnej listy projektów indywidualnych Programu,
-
organizowanie naborów projektów,
-
przekazywanie Komisji Europejskiej informacji na temat dużych projektów,
-
zarządzanie środkami finansowymi przeznaczonymi na realizację Programu,
-
opracowanie we współpracy z Instytucją Pośredniczącą prognoz wydatków Programu oraz przekazywanie ich Komisji Europejskiej (za pośrednictwem Instytucji Certyfikującej),
-
zapewnienie istnienia informatycznego systemu rejestracji i przechowywania zapisów księgowych dla każdej operacji w ramach Programu oraz gromadzenie danych na temat realizacji, niezbędnych do celów zarządzania finansowego, monitorowania, weryfikacji, audytu i oceny,
-
zapewnienie, że beneficjenci oraz inne organy zaangażowane w realizację działań prowadzą odpowiednią i odrębną księgowość dla projektów objętych dofinansowaniem,
-
odzyskiwanie kwot nienależnie wypłaconych beneficjentom,
-
przestrzeganie limitów użycia instrumentu elastyczności (cross-financing),
-
powołanie Komitetu Monitorującego Program i kierowanie jego pracą,
-
powołanie, jeśli jest to konieczne, podkomitetów dla poszczególnych osi priorytetowych oraz kierowanie ich pracami,
-
przygotowanie sprawozdań z realizacji Programu, które podlegają akceptacji Komitetu Monitorującego, a następnie przekazywane są do Komisji Europejskiej,
-
ocenę postępów realizacji Programu,
-
przekazywanie Komitetowi Monitorującemu informacji o uwagach Komisji Europejskiej oraz informowanie Komisji Europejskiej o podjętych działaniach w odpowiedzi na jej uwagi,
-
prowadzenie ewaluacji Programu zgodnie z wymogami Unii Europejskiej i na podstawie przygotowanego wcześniej planu,
-
przygotowanie wspólnie z Instytucją Pośredniczącą planów ewaluacji poszczególnych osi priorytetowych oraz nadzór nad wykonywaniem ewaluacji przez Instytucję Pośredniczącą,
-
udział we wdrożeniu i w obsłudze centralnego elektronicznego systemu monitorowania,
-
kontrolę realizacji Programu (przygotowuje plan kontroli systemowych i przeprowadza je oraz współpracuje z Instytucją Pośredniczącą w przygotowaniu planu kontroli poszczególnych osi priorytetowych i zatwierdza je, a następnie nadzoruje wykonanie kontroli),
-
przygotowanie raportów o nieprawidłowościach oraz przekazywanie ich do uprawnionych instytucji,
-
przekazywanie Instytucji Certyfikującej wszystkich niezbędnych informacji o procedurach i weryfikacjach wydatków,
-
zapewnienie, że wszystkie dokumenty dotyczące wydatków i audytów są przechowywane zgodnie z wymogami,
-
wspólne (wraz z Instytucją Pośredniczącą) przygotowanie planu komunikacji dla Programu oraz nadzorowanie działań komunikacyjnych prowadzonych przez Instytucję Pośredniczącą,
-
zapewnienie zgodności realizacji Programu z wymogami informowania i promocji.