Na system organizacyjny funduszy europejskich składają się trzy główne poziomy:
-
koordynacja
-
zarządzanie
-
wdrażanie
Na każdym z tych poziomów działają inne instytucje. Są to więc: Instytucje Koordynujące i Monitorujące – na etapie koordynacji i monitoringu; Instytucje Zarządzające – na etapie zarządzania oraz Instytucje Pośredniczące i Wdrażające – na etapie wdrażania. Dodatkowo, w ostatnim etapie uczestniczą także Instytucje Certyfikujące i Instytucja Audytowa.
Instytucją Zarządzającą dla Programu Rozwój Poslki Wschodniej jest minister rozwoju regionalnego, który odpowiada za skuteczność, efektywność i prawidłowość zarządzania oraz wdrażania Programu. Obowiązki Instytucji Zarządzającej Programem pełni jednostka organizacyjna w ramach Ministerstwa Rozwoju Regionalnego. Obecnie funkcję tą pełni Departament Programów Ponadregionalnych.
Instytucja Zarządzająca powierzyła realizację części zadań Instytucji Pośredniczącej. Dla Programu Instytucją Pośredniczącą jest Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości (PARP), która odpowiada za: monitorowanie przygotowania projektów indywidualnych (od pre – umowy do umowy o dofinansowanie), przeprowadzenie naboru wniosków o dofinansowanie, podpisanie umów o dofinansowanie, weryfikację wniosków o płatność; kontrolę realizacji projektów; działania informacyjne i promocyjne oraz monitorowanie i ewaluację realizacji osi priorytetowych.
Obowiązki Instytucji Pośredniczącej w ramach PARP pełnią: Departament Infrastruktury Nowoczesnej Gospodarki (Osie priorytetowe: I, II), Departament Projektów Infrastrukturalnych (Osie priorytetowe: III, IV i V).
Schemat przedstawia system organizacyjny PO RPW:
Schemat w wersji pdf 
Obowiązująca od 1 stycznia 2010 r. ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz.U. 2009, nr 157, poz. 1240) wprowadziła instytucję Płatnika, którego rolę pełni Bank Gospodarstwa Krajowego. Płatnik na podstawie przekazanego mu przez Instytucję Pośredniczącą zlecenia płatności, dokonuje wypłaty środków na wskazany w nim rachunek bankowy Beneficjenta.